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抗生素耐药性（Antimicrobial resistance,AMR）是一个日益严峻的全球性卫生问题，导致人类和动物的许多疾病无法得到有效治疗。目前动物耐药性监测方法效率低下，且效果不佳，使问题进一步复杂化。然而，自动化液体处理系统与高通量测序平台的联合使用，意味着可以从食用动物中获得的大量样本中识别抗生素耐药性，可以有效防止耐药基因流向人类。

AMR的影响

AMR正在全球范围内上升，已成为与气候变化一样紧迫的挑战。它的出现是因为抗生素的不当使用，以及未经处方使用抗生素。更重要的是，缺乏治疗细菌感染的新药物。这个问题并不仅限于人类，因为许多相同或密切相关的抗生素也同样被用于治疗动物。这可能导致耐药病原体在动物体内得以进化，然后通过食物链转移给人类——并携带了耐药基因。动物身上发现的越来越多的耐药病原体可能会导致：

人类发病率增加

人类死亡率增加

人类使用相关抗生素的疗效降低

人类医疗保健成本增加

携带和传播病原体的可能性增加

人类病原体的耐药性发生频率增加

因此，从食用动物获得的抗生素耐药性对人类健康构成的威胁迫在眉睫，必须在转移给人类之前进行检测，这也是抗生素耐药性监测的切入点。

根据2019年AMR报告，AMR在全球导致了127万人死亡，已超过了获得性免疫缺陷病(AID)导致的死亡人数。此外，AMR还间接导致495万人的死亡。

AMR监测

AMR监测系统专门用于寻找出现在食用动物中的耐药病原体，同时为保护人类健康提供了一个至关重要的屏障。尽管这些系统在全球范围内持续运行，但目前的做法仍然是不够的。主要问题是成本，因为一个单独菌株从开始到结束的费用约为300澳元，相当于每年同一来源的一个菌群的检测费用为6万澳元。这导致检测的样本量较少，且最终得出的结论也非常有限。

例如，丹麦拥有世界上最好的养猪场监测系统之一。但是，平均每年只调查了193个大肠杆菌菌落。这几乎不可能准确表述耐药病原体的分布情况，当然也没有足够的数据来指导AMR的关键决策。然而，实验室自动化可以为这些问题提供一个有潜力的解决方案，可以对大批量样本进行高成本效益的处理，从而提供更切实的证据，帮助保护这些救命的药物。

自动化药敏平台(RASP)

RASP是一个自动化平台，可高通量监测多种应用，包括食品生产动物的耐药性。它可以提供快速和可靠的数据，为兽医、农民和政府机构就动物种群中的AMR 提供建议。由于AMR会随着时间和地点的变化而变化，因此该灵活平台能够捕捉到现有和新出现的耐药性，并对进化模式提供科学分析。

更重要的是，这个平台可以处理和检测大批量的样本，并提供可靠数据。将Tecan®的自动化平台、Bruker®的MALDI-TOF和Illumina®测序平台结合到一个高通量解决方案中，在遵守国际公认标准的同时，可以快速筛选数千个样本，并在大量菌种中研究AMR。

传统的检测方法只随机挑选一种不代表该物种AMR的菌株。使用RASP，整个过程是自动化的，可以处理上千个分离株，以生成可靠的、具有代表性的AMR数据。在短短两周内，可以处理多达4000个分离株，而成本只是传统方法的一小部分——用于MIC敏感性检测的每个分离株只需6澳元。

这些数据可以用来鉴定高度耐药的菌株，以及一个物种内和不同农场之间的耐药性。这些数据还可以被整理进国家的数据库，更重要的是，这些数据可以反馈给农民、兽医和决策者，以指导适当的治疗优化。

自动化与基因组学结合带来的影响

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）对人类和动物造成严重的健康问题。在澳大利亚，发现了一种高毒性的MRSA菌株，它从人类转移到猪身上，然后再次感染人类。利用高通量自动化和基因组学，可以追踪该菌株的起源。人们发现，来自不同国家的农场工人携带的人类MRSA菌株最终在在澳大利亚的猪身上定居。最后通过增强农民教育和优化流程来改善这一影响，工人也开始戴口罩并改善手部卫生。

结论

自动化和基因组学的结合是微生物学的未来。升级使用先进的液体处理平台，使我们能够快速评估AMR干预措施，改变细菌管理策略，调查疫情并筛查人类和动物中的病原体。RASP是AMR监测的新一代方法，可显著提高通量并降低成本，从而更好地制定决策，以减少AMR的全球影响。